（一）办公室。负责机关日常运转工作，承担信息、安全、保密、信访、政务公开、信息化等工作；承担全州生态环境信息网建设和管理工作；参与协调对外生态环境合作和具体工作的衔接。

　　（二）综合科（生态环境监测科、生态保护科、生态文明建设科）。组织生态环境统计、污染源普查和生态环境形势分析，统筹污染物排放总量控制综合协调和管理工作，拟订全州生态环境保护年度目标和考核计划；组织协调开展生态环境监测、温室气体减排监测、应急监测，调查评估全州生态环境质量状况并进行预测预警，负责全州生态环境监测管理和生态环境质量信息发布工作；组织编制生态保护的有关规划和方案，组织全州开展生态示范创建，开展全州生态状况评估；承担自然保护地、生态保护红线相关监管工作；组织开展生物多样性保护、生物遗传资源保护、生物安全管理工作；参与重大生态破坏事件的调查和处理；承担州委全面深化改革委员会生态文明体制改革专项小组办公室的具体工作；承担州生物多样性保护委员会办公室的日常工作。

　　（三）州生态环境保护督察办公室。监督生态环境保护党政同责、一岗双责落实情况，拟定生态环境保护督察制度、工作计划、实施方案并组织实施；承担配合中央、省生态环境保护督察组织协调工作，组织抓好反馈意见问题整改落实；负责对州级有关部门生态环境保护工作的监督检查；根据授权对各县市、各有关部门贯彻落实中央、省、州生态环境保护决策部署情况提出督察问责建议；承担州生态环境保护督察工作领导小组办公室日常工作。

　　（四）法规与宣教科。组织起草和拟定生态环境保护地方性条例和生态环境政策；牵头实施生态环境损害赔偿制度改革；负责生态环境保护行政执法工作，指导全州生态环境保护执法检查活动；拟定并指导实施生态环境保护宣传教育纲要；组织开展生态文明建设和环境友好型社会建设的宣传教育工作；承担新闻审核和发布，指导生态环境舆情收集、研判、应对工作。

　　（五）科技与规划科（核与辐射环境管理科）。组织协调和审核生态环境综合规划，承担生态环境保护领域固定资产投资和项目管理相关工作，组织财政专项资金的申报并提出安排意见；承担各项资金使用、监督和绩效考核工作；承担生态环境科技工作，拟定并组织实施全州环境保护科技发展规划、计划；参与制定全州环保产业政策和发展规划，参与指导和推动循环经济与生态环保产业发展；负责核安全和辐射环境安全的监督管理工作，组织辐射环境监测，参与核与辐射事故应急工作，负责核材料管制和民用核安全设备设计、制造、安装及无损检验活动的监督管理；负责核燃料循环设施、放射性废物处理和处置设施、核设施退役项目、核技术利用项目、铀（钍）矿和伴生放射性矿、电磁辐射装置和设施、放射性物质运输的核安全、辐射安全和辐射环境保护、放射性污染治理的监督管理。

　　（六）水生态环境科。负责全州地表水生态环境监管工作；编制重点水功能区划；拟定和监督实施全州重点流域生态环境规划、水污染防治计划；负责组织编制水污染防治项目计划，并监督实施；组织开展对水生态环境质量改善目标落实情况考核工作。负责全州水环境减排工作；建立和组织实施跨界水体断面水质考核制度，监督管理饮用水水源地生态环境保护工作，指导入河（湖）排污口设置。

　　（七）大气环境科。负责全州大气、噪声、光、化石能源等污染防治的监督管理；拟定和监督实施全州大气污染防治规划、计划，并监督实施；组织开展对大气环境质量改善目标落实情况考核工作；组织开展大气环境形势分析，拟定污染天气应对措施，组织协调大气面源污染防治工作，推动大气污染联防联治工作；负责实施全州应对气候变化及温室气体减排工作，综合分析气候变化对经济社会发展的影响，组织实施清洁发展机制工作。

　　（八）土壤生态环境科（固体废物与化学品科）。负责全州土壤、地下水等污染防治和生态保护的监督管理；组织拟定全州土壤、地下水污染防治规划、计划，并监督实施；组织开展对土壤生态环境质量改善目标落实情况考核工作；指导农村生态环境保护和农村环境综合整治工作，监督指导农业面源污染防治工作；参与协调绿色有机食品发展工作；负责组织编制土壤污染防治项目计划，并监督实施；负责组织拟定全州固体废物、化学品、重金属污染防治规划、计划，并监督实施；组织实施危险废物经营许可及出口核准、固体废物进口许可；组织开展化学品和有毒危险废物等环境管理申报、登记、转移等环境管理具体工作。

　　（九）环境影响评价与排放管理科。负责统筹协调行政审批事项，牵头起草有关工作规则并组织实施；承担规划环境影响评价、政策环境影响评价、项目环境影响评价工作，负责州级建设项目环境影响评价文件审批和竣工环境保护验收事中事后监管有关工作；承担排污许可综合协调和管理工作，负责污染物排放许可、排污权交易等具体工作；参与拟定生态环境准入清单并组织实施。

　　（十）人事科。承担机关及直属单位、派出机构的干部人事、机构编制、劳动工资和教育培训工作；指导生态环境行业人才队伍建设，承担生态环境行政体制改革有关工作；负责离退休干部工作；负责机关及其直属单位的党群工作。