红河州传染病医院的前身是云锡公司精神卫生医院，始建于1991年，自2003年7月1日从企业剥离，移交到红河州人民政府，正值“2003年非典”肆虐之后，州人民政府开始在此基础上筹建州传染病医院。于2009年正式挂牌“红河州传染病医院”，同时加挂“红河州公共卫生诊疗中心”、“红河州艾滋病关爱中心”两块牌子，按照“二级传染病医院”标准建设，定为副处级的差额拨款公益二类事业单位，核定人员编制100名，编制病床300张。目前医院加挂“红河州病残吸毒人员救治救助中心”牌子，正式定级为二级传染病专科医院，人员编制增加至113名，实际开放病床450张，已申请增加病床编制300张。
红河州传染病医院地处蒙自郊区，位于蒙自、个旧、开远、建水四个城市群落的半小时（20至40公里）交通枢纽中心位置，有利于集中诊治、医学隔离、归口管理艾滋病、突发传染病、烈性传染病的患者和医学留观病例。医院原占地80.72亩，2020年3月新征两宗地块共135.784亩，目前累计占地面积216.504亩。医院按照“一体两翼（传染病和精神病两个专业）、一院五区（红河州传染病医院下设艾滋病关爱中心、重大传染病救治中心、病残吸毒人员救治救助中心、心理卫生中心、传染病诊疗技术支持中心）”的发展规划进行建设。目前已经建成三个中心：州艾滋病关爱中心为艾滋病外科住院和手术楼1幢（建筑面积4366㎡），州病残吸毒人员救治救助中心为艾滋病等传染病内科住院楼3幢（建筑面积4890㎡），州心理卫生中心为精神病住院病房（医技行政综合楼中的一部分，建筑面积1200㎡）。目前医院拥有的基本设备有DR、全自动生化分析仪、便携式彩色B超机、血细胞分析仪各一台，呼吸机2台，消毒机6台等。核定人员编制113名，现有在编在岗职工92人，自主聘用人员42人。其中卫生技术人员104人，高级职称人员9人，中级职称人员22人。硕士研究生1人，省级先进工作者2人，任省内各专科协会委员7人，任州内协会会长1人、副主任委员2人、委员10余人。
红河州传染病医院主要承担州内传染性疾病和精神障碍疾病的医疗救治等公共卫生工作职责，平时以结核病、艾滋病、肝炎病等重大传染病诊治为主，突发重大传染病疫情时，迅速启动应急预案，快速腾空病房转为专科传染病战备使用，集中隔离医学观察和医疗救治传染病患者，保障人民群众生命健康。目前主要开展常见传染病和精神障碍性疾病的基本医疗救治和防控工作，开展防治艾滋病政府购买社会组织服务项目的管理工作，协助州强制隔离戒毒所、州看守所等拘押场所开展所内医疗卫生工作，对口帮扶屏边、绿春、个旧、金平、河口、蒙自6县市的重性精神障碍患者的评估鉴定、医疗救治和技术指导工作。
