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(一)办公室
1、协助局领导组织机关日常工作，对各科室工作进行综合协调和督促检查，对综合性、专题性和政策性的问题组织调查研究，提供决策依据。
2、负责计划综合，财务、审计工作，对水利水电系统国有资产的保值增值进行监督和管理。
3、负责督查、保密、保卫、文秘、文书档案、来信、来访、信息、宣传报道及机关内部规章制度的建设和实施管理。
4、管理机关行政事务，承办较大会议，承办局领导交办的其他事项。
（二）人事科
1、负责机关、直属单位机构、编制和招工、招干，大中专生接收分配、干部考察管理等工作。
2、组织实施国家公务员制度。 3、负责专业技术人员专业技术职务和工人技师的评聘管理工作。
4、主管本行业劳动工资，劳动保护和社会保险工作。
5、管理全州水利、地方电力科技，技术推广，科技信息和职工教育工作。
6、办理有关水利水电涉外事务及对外经济技术合作和
7、负责利用外资和中外合资项目及智力引进工作。承办局领导交办的其他事项和局党组的日常工作。
（三）水政水资源科
1、主管全州水利行业政策法规、体制改革和水利执法工作。
2、负责宣传、贯彻、执行有关水资源管理的法律、法规、规章，并研究起草相应的规范性文件。
3、组织实施取水许可制度和水资源费的征收管理工作。
4、组织制订跨市县的水量分配方案，调处水事纠纷。
5、统筹安排水资源，统一管理节约用水和用水统计。
6、组织有关部门制订水中长期供求计划，参与取水工程的设计审批。
7、承办局领导交办的其他事项。
（四）水利科
1、编制各项水利建设中长期计划和制订年度计划，组织水利工程各阶段设计文件的审批，对水利工程建设项目实施监督管理。
2、管理农村水利工程、县、乡（镇）供水工程、人畜饮水工程的生产运行和经营，农村节水工作，灌溉试验。
3、负责水利渔业和农村水利社会化服务体系建设及全 州水利综合统计工作。
4、办理冬春农田水利建设领导小组的日常工作。
5、主管全州水利工程（含水库）的管理和保护工作，监督实施《水库大坝安全管理条例》的日常工作。
6、 承办局领导交办的其他事项。
（五）电力科
1、负责宣传贯彻执行《电力法》及相应法规的工作。
2、对地方电力实行行业管理并协调与国家电网的关系。
3、组织编制全州地方电力发展规划、中长期计划和年度实施计划。
4、组织地方电力建设工程各阶段设计文件的审批。
5、对地方电力建设项目实施管理和监督。
6、组织实施农村水电初级电气化县的建设。 7、指导地方电力系统的生产运行和经营管理，负责全州地方电力综合统计工作。
8、承办局领导交办的其他事项。
（六）州防汛抗旱指挥部办公室、州水土保持委员会办公室、州防汛抗旱指挥部办公室、州水土保持委员会办公室，是州防汛抗旱指挥部及州水土保持委员会常设办事机构，由州机构编制委员会单独核定行使行政职能的事业编制，在州委、州政府及州防汛抗旱指挥部、州水土保持委员会领导下负责全州的防汛抗旱及水土保持工作，实行两块牌子，一套工作班子的管理办法。其主要职责是：
1、主管全州防汛抗旱工作，对全州江河、湖泊和水利工程的防洪安全进行行业管理；组织有关部门编制全州江河、湖泊和重要水库工程防汛、防御洪水、抗洪抢险、抗旱对策并监督买施；负责指导全州防汛、抗旱通讯网络建设；依法对江河、湖泊、河口滩涂等水域及其岸线进行监督管理和保护；承办州防汛抗旱指挥部的日常工作。
2、负责全州水土保持工作，编制全州中长期及年度水土流失治理保护规划、计划；组织指导水土保持重点治理区的工作；协调有关部门对水土流失进行综合治理；对水土保持的法律、法规的执行情况依法实施监督；负责征收水土保持费；承办州水土保持委员会的日常工作。
（七）红河州水利水电工作站
为解决行政机关编制不足的问题，在一九八三年机构改革中设立全额管理的事业单位红河州水利水电工作站，与红河州水利水电局合并共同行使行政职能和水利水电行业的具体管理工作。根据理顺关系，转变政府职能，把具体管理和专业性、技术性较强的业务工作转移给事业单位的原则，在这次机构改革中将红河州水利水电工作站与红河州水利水电局分开，红河州水利水电工作站承担红河州水利水电行业的具体管理和专业性、技术性较强的工作。
主要职责是：
1、负责全州水资源开发保护规划。
2、负责水利水电工程各阶段设计文件的审查，并提出审查意见。 3、负责水利水电工程的建设管理工作，包括水利水电工程的招标及施工管理，工程定额和工程质量监督；基本建设统计和资金管理；建设项目的竣工验收和财务决算等具体工作。
4、负责全州大坝安全的技术监测。
5、具体管理烟区和蔗区水利建设，承办州烟区水利组的日常工作。
6、负责水利水电科技档案管理。
7、州水利水电局交办的其他工作。
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