一、税收政策
（一）除法律、行政法规另有规定外，下列货物从境外进入综合保税区，海关免征进口关税和进口环节海关代征税：
1.区内生产性的基础设施建设项目所需的机器、设备和建设生产厂房、仓储设施所需的基建物资；
2.区内企业生产所需的机器、设备、模具及其维修用零配件；
3.区内企业和行政管理机构自用合理数量的办公用品。
（二）从综合保税区运往境外的货物免征出口关税，但法律、行政法规另有规定的除外。
（三）综合保税区与区外之间进出的货物，按货物进出口的有关规定，办理报关手续，并按货物实际状态征税。
（四）综合保税区内生产企业生产出口货物耗用的水、电、气，准予按现行政策规定水、电、气适用的出口退税率退还增值税。
（五）境内货物进入综合保税区视同出口，按现行政策规定的出口货物适用出口退税率实行退税。
（六）对区内企业加工、生产的货物，凡属于货物直接出口和销售给区内企业的，免征增值税、消费税。
二、西部大开发优惠政策
（一）对西部地区内资鼓励类产业、外商投资鼓励类产业及优势产业的项目在投资总额内进口的自用设备，在政策规定范围内免征关税。
（二）对设在西部地区以《西部地区鼓励类产业目录》中新增鼓励类产业项目为主营业务，且其当年度主营业务收入占企业收入总额70%以上的企业，自2014年10月1日起，可减按15%的税率征收企业所得税。
三、进出口贸易奖励政策
（一）根据《云南省人民政府关于稳增长开好局若干政策措施的意见》（云政发[2016]19号），省财政筹措5000万元，对在省生产和注册结汇的外贸企业按照全年出口业绩进行奖励，每出口100万美元奖励5000元人民币。
（二）根据《红河州人民政府关于贯彻落实省政府稳增长开好局若干政策措施的实施意见》（红政发[2016]21号），明确了在执行省相关政策的基础上，对在本州生产和注册结汇的外贸企业按照全年出口业绩进行奖励，对一般贸易进出口企业每进出口1美元奖励0.03元人民币，对加工贸易进出口企业每出口1美元奖励0.05元人民币，每户企业最高奖励200万元。
四、上海自由贸易区政策
截至2018年，红河综合保税区已复制和推广上海自由贸易区优惠政策9项：
（一）先进区后报关；
（二）保税维修；
（三）批次进出、集中申报；
（四）智能化卡口验放；
（五）统一备案清单；
（六）简化通关作业随附单证；
（七）委内加工监管；
（八）保税展示交易；
（九）货物状态分类监管。
